Mzml binário opções

Msaccess é uma ferramenta de linha de comando para extrair dados e metadados de arquivos de dados. Exemplos veja abaixo para muitas mais opções, veja aqui para detalhes sobre o --filter option. msaccess - x spectrumtable cria com informações resumidas para todos os espectros como lidos a partir da varredura Headers. msaccess - x índice binário 0,3 cria arquivos com dados binários para espectros 0 a 3.msaccess - x delimitador de fatia tab índice 2,6 mz 100,600 cria com uma tabela de dados no intervalo selecionado. msaccess - x tic mz 409,410 Delimiter comma --filter msLevel 2 cria com informações de corrente de íon total para a faixa de massa 409-410 em ms2 scans. Note isso também poderia ser alcançado como msaccess - c onde é um arquivo contendo as linhas exec tic mz 409,410 delimitador filtro de vírgula msLevel 2. Msaccess - x largura da imagem 800 altura 600 cria com pseudo-2D-gel imagem do arquivo de dados, tamanho 800x600 pixels. Run msaccess sem argumentos de linha de comando para ver esta mensagem de uso. Usage msaccess opções nomes de arquivos MassSpecAccess - linha de comando acesso a massa Especificação Ata arquivos usa - x --exec para especificar o comando de análise.-f --filelist arg arquivo de texto contendo nomes de arquivos para processar - o --outdir arg output diretório - c --config arg arquivo de configuração contendo as configurações como optionName valor - x - Ex. --exec tic mz 409-412 --filter arg adicionar um filtro de lista de espectro, eg --filter msLevel 2,3 ver uma lista completa dos tipos de filtro suportados aqui - v --verbose imprimir mensagens de progresso. Comandos de análise usados ​​com - x --exec. metadata gravar nível de arquivo metadata. runsummary msLevels intset cobra intset delimitador espaço fixo vírgula tabulação resumo estatísticas sobre uma execução msLevels se especificado, o resumo opera somente nesses níveis de MS padrão é todos os níveis de MS cobrança Se especificado, o sumário só opera nestes estados de carga padrão é todos os encargos delimitador define coluna separação padrão é fixo width. spectrumtable delimitador espaço fixo tabulação de vírgula escrever metadados de espectro como ler de cabeçalhos de varredura, em um formato de tabela delimitador conjuntos coluna separação defau Lt é fixo width. binary índice spectrumIndexLow, spectrumIndexHigh sn scanNumberLow, scanNumberHigh precisão de precisão escrever dados binários para espectros selecionados escrever dados de índice para espectros neste intervalo de índice sn escrever dados para espectros neste número de varredura gama precisão escrever d decimais places. slice mz mzLow , MzHigh rt rtLow, rtHigh índice indexLow, indexHigh sn scanLow, scanHigh delimitador espaço fixo vírgula tab escrever dados de uma região retangular mz conjunto mz intervalo rt conjunto tempo de retenção intervalo índice conjunto espectro índice intervalo sn definir digitalizar intervalo de numeração delimitador conjuntos coluna separação padrão é Fixo width. tic mz mzLow, mzHigh delimitador espaço fixo vírgula tab escrever contagem total de íons para uma faixa mz mz conjunto mz intervalo delimitador define coluna separação padrão é fixo width. sic mzCenter mz raio raio radiusUnidades amu ppm delimitador espaço fixo vírgula tab escrever íon selecionado Cromatograma para um mz e raio mzCenter conjunto mz valor raio conjunto radius valor radiusUnits set unidades para o valor de raio m Ust be amu ou ppm delimitador conjuntos coluna separação padrão é fixo width. image args - veja lista criar pseudo-2D-gel imagem args rótulo xxxx conjunto nome do arquivo rótulo para xxxx mz mzLow, mzHigh set mz intervalo de corte timeScale N set fator de escala para o eixo de tempo BinCount N definir histograma bin contador zRadius N definir intensidade função z-score radius, padrão 2 scan renderizar y-axis linear com escaneamento renderizar tempo y-axis linear com tempo bry usar blue-red-yellow gradient grey usar grey-scale gradient binSum sum Intensidade em caixas, senão mostrar intensidade máxima ms2locs indicar massas selecionadas para ms2 pepxml xxx conjunto ms2 id s de arquivo pepxml xxx msi xxx conjunto ms2 id s de msinspect arquivo de saída xxx plano xxx set ms2 id s de tab delim file xxx width xxx set image Largura xxx pixels, o padrão é altura calculada yyy definir a altura da imagem para yyy pixels, o padrão é calculado. msaccess - x tic mz 409-410 --filter msLevel 2 cria com informações de íon total para a faixa de massa 409-410 em scans ms2 Isso Poderia também ser alcançado como msacce Ss - c onde é um arquivo contendo as linhas exec tic mz 409-410 filtro msLevel 2.msaccess - x spectrumtable cria com informações sumárias para todos os espectros como lidos a partir da varredura headers. msaccess - x índice binário 0-3 cria arquivos com binário Dados para espectros 0 a 3.msaccess - x índice de fatia 2,6 mz 100,600 delimitador tabulação cria com uma tabela de dados no intervalo selecionado. msaccess - x largura da imagem 800 altura 600 cria com pseudo-2D-gel imagem do arquivo de dados. Questions, comments, and bug reports. ProteoWizard release 3 0 4388 Data de compilação Mar 14 2017 12 14 30.msconvert é uma ferramenta de linha de comando para converter entre vários formatos de arquivo Para usuários do Windows, o programa msConvertGUI também está disponível para fácil conversão de arquivos. Leia formatos abertos, formatos de fornecedor Formatos suportados ProteoWizard. Write formatos abertos Também, msconvert pode executar vários filtros e transformações listadas aqui em seus arquivos de entrada. msconvert imprime informações de uso, como visto below. msconvert --help imprime informações de uso, wit H mais detalhes sobre filters. msconvert cria no diretório atual. msconvert --mzXML cria no diretório atual. msconvert - o myoutputdir converte todos os arquivos correspondentes a mzML, arquivos de saída criados em myoutputdir. msconvert --zlib --filter peakPicking true 2,3 Use a compressão zlib para matrizes de dados binários e use o centroiding do fornecedor para msLevels em 2,3.msconvert --filter msLevel 2 apenas escreva ms2 scans. msconvert --filter msLevel 2- apenas escreva ms2 e mais alto scans. msconvert --filter zeroSamples removeExtra Omitir amostras de valor zero que não estão ao lado de amostras não-zero. msconvert -32 --zlib --filter peakPicking true 1- --filter zeroSamples removeExtra vários truques para criar um arquivo menor, bem como o antigo programa conversor ReAdW. Executar msconvert sem argumentos produz esta saída útil. Usage msconvert opções filemasks Converter dados de especificação de massa file formats. Return valor de falha files. Options - f --filelist arg especificar arquivo de texto contendo nomes de arquivos - o --outdir arg set output director Y - para stdout - c --config arg arquivo de configuração optionName valor --outfile arg Substituir o nome do arquivo de saída - e --ext arg set extensão para arquivos de saída mzML mzXML mgf txt mz5 --mzML write mzML format default --mzXML Escrever formato mzXML --mz5 escrever mz5 formato --mgf escrever Mascot formato genérico --text escrever ProteoWizard formato de texto interno --ms1 escrever MS1 formato --cms1 escrever CMS1 formato --ms2 escrever MS2 formato --cms2 escrever CMS2 formato - v --verbose mostrar informações detalhadas sobre o progresso --64 definir a codificação binária padrão para 64-bit precisão default --32 definir a codificação binária padrão para 32 bits de precisão --mz64 codificar valores mz em precisão de precisão de 64 bits --mz32 codificar valores mz Na precisão de 32 bits --inten64 codificar valores de intensidade em 64 bits de precisão --inten32 codificar valores de intensidade em 32 bits de precisão padrão --noindex não escrever índice - i --contactInfo arg nome de arquivo para contato info - z --zlib Use compressão zlib para dados binários --numpressLinear toler use numpress previsão linear los Sy compressão para binário mz e rt dados erro relativo garantido menos de tolerância dada, o padrão é 2e-009 --numpressPic use numpress positivo inteiro inteiro lossy compressão para intensidades binárias máximo 0 5 erro absoluto garantido --numpressSlof toler use numpress curto registrado float compressão lossy Para intensidades binárias erro relativo garantido menor tolerância dada, o padrão é 0 0002 - n --numpressTudo como --numpressLinear --numpressSlof ver para obter mais informações - g --gzip gzip arquivo de saída inteira adiciona ao nome do arquivo --filter arg add a Filtro de lista de espectro - gerar criar um único arquivo de saída de vários arquivos de entrada, mesclando metadados de nível de arquivo e concatenando listas de espectro --simAsSpectra escrever monitoramento de íons selecionados como espectros, não cromatogramas --srmAsSpectra escrever monitoramento de reação selecionado como espectros, não cromatogramas - - combineIonMobilitySpectra gravar todas as caixas de derivação scans em um bloco de quadros como um espectro em vez de espectros individuais --acceptZeroLengthSpectra alguns vend Ou leitores têm uma maneira eficiente de filtrar os espectros vazios, mas leva mais tempo para abrir o arquivo --ignoreUnknownInstrumentError se verdadeiro, se um instrumento não puder ser determinado a partir de um arquivo de fornecedor, não será um erro --help mostrar esta mensagem , Com mais detalhes sobre as opções de filtro. OPÇÕES DO FILME executar este comando com --help para ver mais índice de detalhe indexvalueset msLevel mslevels chargeState chargestates precursorRecalculation mzRefiner msLevels 1 thresholdScore CVScoreName thresholdValue floatset thresholdStep float maxSteps count lockmassRefiner mz real mzNegIons real mz tol real 1 0 Daltons precursorRefine peakPicking PickerType snr relação sinal / ruído mínima peakSpace espaçamento mínimo pico msLevel mslevels scanNumber scannumbers scanEvent scaneventset scanTime scantimerange sortByScanTime stripIT metadataFixer titleMaker formatstring tipo de limiar orientação do limite mslevels mzWindow mzrange mzPrecursores precursormzlist defaultArrayLength peakcountrange zeroSamples mod e MSlevels mzPresent tipo de tolerância orientação limiar mzlist includeorexclude tempo de varredura tolerância precursor scanSumming precursorTol scanTimeTol tolerância MS2Denoise peaksinwindow windowwidthDa multichargefragmentrelaxation MS2Deisotope contrata mzTol mzTol Poisson minCharge minCharge maxCharge maxCharge ETDFilter removePrecursor removeChargeReduced removeNeutralLoss blanketRemoval matchingTolerance chargeStatePredictor overrideExistingCharge verdadeiro false false maxMultipleCharge int 3 minMultipleCharge int 2 singleChargeFractionTIC reais 0 9 maxKnownCharge int 0 makeMS2 true false falso turbocompressor minCharge minCharge maxCharge maxCharge precursorsAntes antes de precursorsAfter após halfIsoWidth meia largura da janela de isolamento defaultMinCharge defaultMinCharge defaultMaxCharge defaultMaxCharge useVendorPeaks useVendorPeaks ativação precursorativationtype analisador analisador analisador polaridade polaridade do analisador tipo. Converter para msconvert. Converter para msconvert - mzXML. Colocar o arquivo de saída em myoutputdir msconvert - o myoutputdir. Extrair índices de varredura 5 10 e 20 25 msconvert - índice de filtro 5,10 20,25. Extrair MS1 verifica apenas msconvert --filter msLevel 1. extrair MS2 e MS3 analisa apenas msconvert --filter msLevel 2-3. Extrair MSn scans para n 1 msconvert --filter msLevel 2. aplicar ETD precursor massa filtro msconvert --filter ETDFilter. Remover amostras de valor zero que não flanqueiam msconvert --filter zeroSamples removeExtra. Remover amostras de valor zero não flanqueadoras em MS2 e MS3 somente msconvert --filter zeroSamples removeExtra 2 3. adicionar amostras de valor zero ausentes com 5 zeros flanqueadores em MS2 e MS3 somente msconvert --filter zeroSamples addMissing 5 2 3. manter apenas espectros de HCD de Um arquivo de dados de árvore de decisão msconvert --filtro HCD de ativação. Mantenha os picos ou amostras do topo 42 dependendo se os espectros são centróides ou perfil msconvert - limiar do limiar 42 mais intenso. Vários filtros selecionar números de digitalização e recalcular precursores msconvert --filter scanNumber 500,1000 --filter precursorRecalculation. Vários filtros aplicam picking de pico e depois mantêm os 100 picos mais baixos msconvert --filter peakPicking true 1- - limiar limite 100 menos intenso. Vários filtros aplicam picking de pico e depois mantêm todos os picos que são pelo menos 50 da intensidade do pico de base msconvert --filter peakPicking true 1 - filtro threshold bpi-relativo 5 mais intenso. Use um arquivo de configuração msconvert - c. Exemplo de arquivo de configuração mzXML true zlib verdadeiro filtro índice 3,7 filtro precursorRecalculation. Questions, comentários e relatórios de bug. ProteoWizard lançamento 3 0 9134 2017-11-11 ProteoWizard MSData 3 0 9134 2017-11-11 ProteoWizard Analysis 3 0 9098 2017- 11-1 Build date Nov 13 2017 11 57 52.Online empresas comerciais em Deli. Contacte Anand Srivastava 9312218905, ou Ravinder Raghav 9868087385 para obter mais detalhes Termos e Condições Política de Privacidade Aviso Legal Feedback Investidores Queixa Contacte-nos Carreira Email 2018 Mefcom Grupo de empresas Comércio on the go Com o nosso aplicativo gratuito para celular em seu telefone Android ou i Nós temos milhares de clientes felizes para mostrar para ele Empresas de comércio on-line em Deli Best Broker Nominations corretores de ações Top - Nós somos uma das principais empresas de corretagem na Índia oferecendo negociação de ações on - Taxas de corretagem Comércio com melhor corretor de ações na Índia Cadastre-se agora Saiba mais Estamos certificados SEBI e levar a sua confiança muito a sério Nós nos tornamos membros da National Stock Exchange como soo N como veio à existência no ano de 1994, e manteve a categoria-1 Merchant Banking licença até 1998 Venha, junte-se a família crescente na Mefcom e sinta a diferença. Receber informações de suas transações diretamente do Exchange em seu e-mail móvel no final de O dia Emitido no interesse dos investidores Por mais de 20 anos, temos sido um líder, profissionalmente gerenciado CORRETAGEM HOUSE do Norte da Índia e nossa compreensão abrangente dos mercados, recomendações de pesquisa através de SMS e chamadas pessoais, as taxas de corretagem competitiva e transparência nas negociações Nos ganhou a confiança completa de milhares de nossos clientes Empresas de comércio on-line em Deli 0b11 opções binárias Bem-vindo ao IPO on-line DAGABUSINESS Negociação em nome da DB International Stock Brokers Ltd é um dos principais da Índia estoque A empresa está listada na BSE, o público Emissão da Companhia em 1995 foi oversubscribed por quinze vezes 402, New Delhi House, 27, Barakhamba Road, Nova Delhi -110001 Trustline é a Índia S Online Online Trading Company, que oferece ampla New Delhi - 110025, é um licenciado IRDA Direct Broker tendo licença No SAS Online tem me ajudou a crescer como um comerciante e todos que eu referi também é grato pela minha sugestão Top Stock Brokers - Somos um dos As empresas de corretagem top na Índia oferecendo negociação de ações on-line com taxas de corretagem mais baixas Comércio com melhor corretor de ações na Índia Nossa plataforma de negociação on-line e margens acessíveis garantir que você obtenha o tipo de experiência de negociação que você merece. Eu estava apenas contemplando a idéia de negociação porque eu Não posso gastar muito tempo como um comerciante com um trabalho exigente em tempo integral Empresas de comércio on-line em Deli Estou agora pensando em desistir do meu trabalho para se tornar um comerciante em tempo integral, graças ao tempo de fechamento de negociação Bem-vindo ao IPO on-line DAGABUSINESS Negociação no nome Da DB International Stock Brokers Ltd é uma das principais ações da Índia A Companhia está listada na BSE, a emissão pública da Companhia em 1995 foi oversubscribed por quinze vezes 402 , Nova Delhi Casa, 27, Barakhamba Road, Nova Deli -110001 Agora eu pagar uma baixa taxa de corretagem e desfrutar de lucros com os meus negócios Como Trocar moeda para taxas de Forex Países Baixos Top Stock Brokers - Somos uma das principais empresas de corretagem na Índia oferecendo Como comerciante newbie, eu queria uma empresa de corretagem que pode garantir a qualidade do serviço. 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